在综合利用方面，食用菌废料可生产沼气、饲养蚯蚓、加工有机肥（有改良土壤作用）等，因为菇渣养分丰富，蘑菇渣加工厂，ph值一般为 5 - 5.5，持水量为 372%，全氮为 1.62%，全磷为 0.454%， 氮为 212mg/kg，磷为 188mg/kg，有机质 60 - 70%，并含有丰富的微量元素。
除了可作为肥料使用外，还可以作为饲料、吸附剂和园林花卉即蔬菜的栽培基质；特别是经食用菌菌丝分解后的秸杆表面的角质层和硅细胞组织及纤维，由于结构遭到破坏，蘑菇渣成分，所以质地疏松，气味芳香，适口性好，是一种营养价值高的饲料。
近年来，随着食用菌栽培技术的普及，食用菌植面积的迅速扩大，品种不断增多，已成为我国农业生产中的主要经济作物之一.栽培各种食用菌以后留下的固体废物叫蘑菇渣，简称菇渣，又叫菌糠，山东蘑菇渣，菌渣，下脚料等.在种植蘑菇的地方，每年都会有大量废弃的蘑菇料渣产生。
实践表明:100kg培养料，蘑菇渣有机肥，收获100kg鲜菇后，还可以得到60kg菇渣废物.食用菌生产者在蘑菇采收后，感到麻烦的是留下来的废料既占在地方，又污染环境。利用蘑菇渣和粗纤维降解菌通过发酵配制生物有机肥。
食用菌的废料（菇渣）完全可以再利用。食用菌的培养料主要是棉籽壳、木屑、稻草等植物秸杆，由于这些原料的主要成分是不溶于水或难溶于水的纤维素、半纤维素、木质素和果胶质等高分子物质，不能被动植物直接吸收。
原料中的粗蛋白含量是 2 – 8%，废料则为 7.2 – 9.5%；原料中的粗脂肪含量是 0.4 – 2.4%，废料则为 2.7 – 6.7%；又如原料中的粗纤维含量是 29.5 – 40.2%，废料则为 15 – 28.2%；再如原料中的木质纤维含量是 14.5 – 15.1%，废料则为 10.9 – 11.4%。
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